mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATATACTTCCTCCGTCCGGA CGGACGGAGGGAGTATATAAT GACTCATCTGATATATACTTCCTCCGTCCGGAAATACTTGTCATCAAACTGGATAAAAGGAGATGTATCTAGATGTATTTTAGTTCTAAATACCTCTCTTTTTATCCATTTTGATGACAAGTATTTTCGGACGGAGGGAGTATATAATAAAAGGGG GTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGGGGAACCGGCTCAACCCTCTAGAGGGTGACTCATCTGATATATACTTCCTCCGTCCGGAAATACTTGTCATCAAACTGGATAAAAGGAGATGTATCTAGATGTATTTTAGTTCTAAATACCTCTCTTTTTATCCATTTTGATGACAAGTATTTTCGGACGGAGGGAGTATATAATAAAAGGGGGCAAGTTACATCATAGGTATGTGTACGTATACAACTACAGAGACTATACAGTGTAACAACAAGTGGTGCCCAACCGCGCCACAGGCAGCTAGTCATGGCTCATCATGCGGTGGAAATCGTGGAAATCGAGCTCGCCGTCGCCGTCGTCGTCGTAGGCCCGTATCATGGCCT 0 0 5' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 6e-50 tae-MIR1128 5e-41 -82.9 ..(((...((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((.((((.((((...((....)))))).)))).)))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))))))))).))...))). (-82.9)