mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AATTATGGAACGGAGGGAGTA CTCCCTCCGTTCCTGATTCT AAACAGCACAAGATGTTGTCGACTCCCTCCGTTCCTGATTCTTGTTGTTGTTTGGACTAAAACCACCATGACAAGAATTATGGAACGGAGGGAGTAGCTAGTTATGTATGTTGGC CACCCGCTCTTGCGATTGATTACGCCACGCTATTTATAGGATACTATAGAATACTCAAGCTATGCATCCAACGCGTTGGGAGCTCTCCCATATGGTCGACCTGCAGGCGGCCGCGCTAGTGATTTCGAGCGGCCGCCCGGGCAGGTGTCCGGTTTGGAACTGGATGTAGCTATTCTTCTTCTTCTTTTCTTGTGTCTGTGAATTTAGTGCGGATCGGATGTAATAAACAGCACAAGATGTTGTCGACTCCCTCCGTTCCTGATTCTTGTTGTTGTTTGGACTAAAACCACCATGACAAGAATTATGGAACGGAGGGAGTAGCTAGTTATGTATGTTGGCAGTTGGTTGTTACAGAATGTAGCAGGTAGTACTATAGGTATATATGTTGGTAGTAACTTGTTGTTGTGAAGATAATAATGGAAATGTTGTTTGTTGTTGTAAAANAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATAAGAAAAAACCTTGGNNTGTAACCCCGCTAATCCCGGCCGCATGGCTGCCGGGACCGTGCCAAGTCGGCCCAAAATGACCCTATAATGAGTCACTTGACGTCCTTTGACCCGGTTTTTACAACGTCATGCCTGGGATAACCCAGGGGTTACCCCCTTGAATAACCCCCCTTACATCCCCTTTCCTCCTTCCGATTTAGCCCCGAAGGGGCGCGCTCCCCATGGCCCTTCCCAACCTTATTGCCCAATGGATGCCCACTGGACCCCCCATTAACCCCCCATTATCCCCGGCGTTATCGCTGGTTACCCCCTCTTTTCCCCCTCCCTTTGCCGCGGCCCTTTGCCCGGTCCTTCCGCTCTTTCCCCCCCCTTTTTGCCGCTTTTCCCCGGGATTTCT 1 1 3' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 0.00000003 100 -47.5 ..((((((.....))))))..(((((((((((((((((((((((((((.((((......)))).))...))))))))))).)))))))))))))).(((((.........))))) (-47.5)