mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CATTATGGAACGGAGGGAGTA CTCCCTCCGTCCCATAATGTA CACCACATACAAGGCTAAATTACATGCAACTACTCCCTCCGTCCCATAATGTAAGACGTTTTTTCACACGTACACTAGTGTCAAANAACGTCTTACATTATGGAACGGAGGGAGTATTATCTTACTGCANGGNAGAGGCNAGCTA GATTTTACACACATAATGGCACACCACATACAAGGCTAAATTACATGCAACTACTCCCTCCGTCCCATAATGTAAGACGTTTTTTCACACGTACACTAGTGTCAAANAACGTCTTACATTATGGAACGGAGGGAGTATTATCTTACTGCANGGNAGAGGCNAGCTAGCTTCTCGAAGCCTCTTGATAAGGGTATCCAGAGATTTCTTCTTTGGATTCTGCCTANCACCNNTAGTTCNAGATGTTGAGANATAGCTCNCTGNGGTATCCCTGAACTTCTCCGAGATAATTGCCACCTTTNTATAATCAGANCTTATTGTAGCTCTTCTCACGGATCACTGGGNTNNGGAAGTTCTCTGGGNTGNTGCTCATNNNAAGATTCNCCANCTGCCTCGGCTCCACCAGCTGCAGACTTCAGTTTCACTTGCTGCANAATGCTGATGAGAGGC 1 0 3' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 3e-21 tae-MIR1130 0.00000003 -56.5 .............((..........))...((((((((((((.(((((((((((((((((.(((.((((........)))).))).))))))))))))))))).))))))))))))...(((..((....)).)))......... (-56.5)