mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATTTCTTTACAGAGGGAGTA CTCCCTCCATAAAGAAATATA TACAAATTAATACTCCCTCCATAAAGAAATATAAGAACATTTAGGTCACTACTTTAGTTATCTAAACGCTCTTATATTTCTTTACAGAGGGAGTACAATCTAAA TTCTGTTTGAGTTNGANTTTTGTAGCATTTGGCGCAGCGGNGAAGCTGTTCCTTGTTACCATCAGGTCACAGGTTGAGTCCTGGAAACAGTCTCTTGCAGAAATGCAGGGAAAGGCTGCATACAAAAGACAAAAAGTGGTCGGACCCTTCCCCGCACCCTGCGCAAGCGGGAGTTACGTGCACTGGGCTGCCCTTTTTAATTTTTAATTTTTGTAGCATGCTAGATTATGTTACAAATTAATACTCCCTCCATAAAGAAATATAAGAACATTTAGGTCACTACTTTAGTTATCTAAACGCTCTTATATTTCTTTACAGAGGGAGTACAATCTAAAATAAAATAGAACTTTCAATAACTTTTTGGTAGCATCAGAAGATTTGGTGGCGCTAGAAACCAATAGGTCAGTTCTATCCTTAGGTAGTTAGGCACCCCTGTAGGCCTTGTACGTTCTGCATGTANCAGAGTAAGCTGTTTGTGCTCGAGTGTTGATGCTGCTTTTACTAATAACTCGTCAGGCTANCATGTCCTTTTTATCCCACNAGTGTTANTTCANCANTATAATTTGTGNGATGNCCTTGCATATATAATCCNTATATTGCCATACNTTTCTGCTTT 2 0 3' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 1e-25 tae-MIR1121 4e-25 -36.3 ..........(((((((((..(((((((((((((((...(((((((.((((...)))).)))))))...)))))))))))))))..)))))))))......... (-36.3)