mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTCCGTTCCTAAATATAAGTC CTTATATTTAGGAACGGAGGG TGCACTACTTCCTCCGTTCCTAAATATAAGTCTTTTTAAAGATTTCACTACAGACTACATACGGAGCAAAATGAGTGAATCTACGCTCTAAAATATGTCTATATACATCCGTATGTAGTTTGTATTGAAATCCTAGAAAGACTTATATTTAGGAACGGAGGGAGTAGAAT GATTCGTTACATCATGTTTTCCTACAAGCATGATGGGAAGAAACAAAAAGCTCCTCCTGCCTTCTTCCAGCATGAAGGTTCAGAAGTGAAACAGATCAGCTAATGCTGAAACCAGACTGGCATTTCAATGTTGCTGTCAAACCTTCTCTTGAATTTGGTTAGGTGGGGACTCTTCTATCACCGTATCTTCCCTCTTGACGAGATACACAAAAGGACTAGTAACAAAATAAGAGACCGGAGACAGGCCCCAACTTATGAACAAAAGTCGGTGGTTATGTACTAACTTTTTGCATCCCTACTGTGCACTACTTCCTCCGTTCCTAAATATAAGTCTTTTTAAAGATTTCACTACAGACTACATACGGAGCAAAATGAGTGAATCTACGCTCTAAAATATGTCTATATACATCCGTATGTAGTTTGTATTGAAATCCTAGAAAGACTTATATTTAGGAACGGAGGGAGTAGAATCTAGCGTTAAGAACTTTGCAAAATGCAGTTGGTTACGCATTTACGCTGTCAGCGCATGTGGGGAGGCTTGACTGCAAACGAAATATTTCCAGGAGTTGCTGCAATCGGGTGACTTCCAGGAGTTGCTGCAATCGGGTGACCTCCAGGAGTAGTAGCTGCAAATGGGCTGCCTCCCGGAGTTGTANCAAATGGGTGACTTCCANGAGTTGATGTAAACGGGTTACGCCCANGAGTTGCTGCNAATGGATTACTTCCCGGANTTGCANGNGANCNAATGGNTGGNGAACCCTGCNCCCTCTTTCCCGCTGGNGATTGAATGANNTNNNCCNNAANCTGNNGCTTTT 0 0 5' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 2e-44 tae-MIR1122 3e-36 -83 ....((((((((((((((((((((((((((((((((((..(((((((.((((((((((((((((((((....(((((......))))).......))).........))))))))))))))))).))))))).))))))))))))))))))))))))))))))))))... (-83)