mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTCTGTAAACTAATATAAGAG CTTATATTAGTTTACGGAGGG TTATTTTGAATAGATGTTTAAATAGTACTCCCTCTGTAAACTAATATAAGAGCGTTTAGATCACTACTTTAGTATTCTAAATGCTCTTATATTAGTTTACGGAGGGAGTACCATACAACATCTTTCACAAGTTC GCACGAGGGTTGAGAGTGGGCTTTGTTCTCGAAGGTTAATGCAGTATTTGTATCACAAGCGTTACCGGCCAGATAATAATCCCATAACATACTGGAGGAAGCTCATTGATGAATATTTTGCACCACGATCAAGAGAGAGATGGTGTGTGACATCATATGAAAAGCCAGGGAATACCTCAGCTGCTATTCCACAGACATCCCCGGTTAGTAAAAATTTCATATCTGAAATTATTTTGAATAGATGTTTAAATAGTACTCCCTCTGTAAACTAATATAAGAGCGTTTAGATCACTACTTTAGTATTCTAAATGCTCTTATATTAGTTTACGGAGGGAGTACCATACAACATCTTTCACAAGTTCTGCTAGGATTATTCAACACTGTTTATTATCAATTACCTTTGATGGCAGTGAGAAACATAATTTGTATGTGTAGCCTCTTGNNNAAATATTTGTTATGTTAACCTGCACTAGTTATTTTAATTGAAAGTTTGAAACCATCCTNNNATGGCTATNNNAATTNNATATATCTANNNNNNNT 0 0 5' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 1e-38 tae-MIR1121 5e-16 -64.4 ...((.((((.(((((((...((.((((((((((((((((((((((((((((((((((((..((((...))))..)))))))))))))))))))))))))))))))))))).))..))))))))))).)).... (-64.4)