mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTCTGTAAACTAATATAAGAG CTTATATTAGTTTACGGGAGGG GAAAGTACTCCCTCTGTAAACTAATATAAGAGCGTTTAGATCTCTATTTTAGTATTCTAAACGCTCTTATATTAGTTTACGGGAGGGAGTAGATG CTGCGCCTTGTAAAGTATGAGTGCTTTGATAAGCGCCATGTCAGCAGTACCTTAGCCGACTTTCTTATTATTAGCTCTTACCATCTTGCTTTCTGTGACCACTGACCACCTTCTAGGTGGCTTCTGTATCTGAAAGATAACGAGTTCACAGTATAGTGCAGCAGGAAATAAATGTATAATTCGTTCTCTAGTTTTTCATTCCTTAAATTATTTTCAGTTATTGAACTATTCTTAGTCTGTTAAGTAAATTGTAGGTTGAACTGAGTTTGTTAGAAAAATGAAATGAAAAATCAGCGCAATATATTTCTTGCAAAAAATAGGACTCTCTGTCAGTATAAAATGGTTAGATGTGGACCATAATGTCCTTATCCTCCTGAAAAAGCTCTGCTAAGACAGGGTGCATGGGACATCACAACGATTTGTCCTCCTAAGCTTGATCACTAGAATCATTTGTGCAAGGATGTGTTCACTCTTACATTCGATATGAAGGCCATATAAAAGTAATTTCAGTAAGATCATGAACTAGCAATATTTTTACTCTTCTTTTGATCTTCATTTCCTTTGTTTATTTATTGTTTTCATTATGAGGTTTCTTCAAATTTGACAACCCTTGTTTTTTGGAAGTATGCTGCCTTCTACTTTGTGGTTGCCGGTTGAAGTACACGTCTTATCTTGTGCATTCGTGGTTGAAAGTACTCCCTCTGTAAACTAATATAAGAGCGTTTAGATCTCTATTTTAGTATTCTAAACGCTCTTATATTAGTTTACGGGAGGGAGTAGATGATAAATTTCTGACCAGATGTGCTTCTACAA 0 1 5' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 5e-37 tae-MIR1121 0.0000000003 -50.5 .....(((((((((((((((((((((((((((((((((((...(((...)))...))))))))))))))))))))))))).)))))))))).... (-50.5)