mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCTGCAAACTAATATAAGAC TTTATATTAGTTTACAGAGGG TGTACTCCATCTTCTGCAAACTAATATAAGACTTTTTAGATCACTATATGCTTTAGTGATCTAAAAAGTTTTATATTAGTTTACAGAGGGAGTATTAG CGGCACGAGATATGCTTTATCTCACCTGATCAGTCTCGAGTATGCCTTGCGGCCTTACCTAAATGTCTTGAGGTACTACTGAAAATAAACAGCCAGACATGCTATTGCTCAAATATCTGTTATATATTTTGCCACTTGATATTTATTGCTGTTTTCATTGTGAAATAAATAACTTCAGTATTAACTTCATCTTCCATGAGTTGTGAATTTGTGATGCCTTCATCCCCTTCTTTTTCTTCTTCTCATGATAGCATCATTGCTCTGTTCTACTACTGTTTCTTGGTATATCGAGCAGGTCGTGGTTTGCAATTTATGATACTGATGCAGTATTTGCCAGTTTCCTTGCTGGGTTGTCCCTATAGCTACTTTTTAAATTCTGTTGGCGAATCATATTTTTAAACGCAACATAAATTGTACTCCATCTTCTGCAAACTAATATAAGACTTTTTAGATCACTATATGCTTTAGTGATCTAAAAAGTTTTATATTAGTTTACAGAGGGAGTATTAGTTACAGTGTCATAGCTCAGTTTTTTGATTGTTTGCTGGTAATGATTTTCTAATGTTTGTTAAGATATTTAAATCACTTACTGCAACATCTTCTCTGAGTTGGTGT 1 0 5' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 2e-18 100 -46.3 .(((((((...(((((.(((((((((((((((((((((((((((((.......))))))))))))))))))))))))))))).))))))))))))... (-46.3)