mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTCTGTAAACTAATATAANAA TTATATTAATTTATGAAGG GCTATTCATTAATGCCAGTGTTAGCTACTCCCTCTGTAAACTAATATAANAACGTTTANATCACTATTTTAACGATCTAAACGCTTTTATATTAATTTATGAAGGAANTACTTANCTACTGGTACTGGGGGGA ANTTCCCCGGCCGTCCATGGCCACCTACCCCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCGCCGCCGTCGCCGTGGCGGCGGCGTCGTCCGCGGAGGACACGCCAACGGCGTACGAGATGCTGGAGCGGTACGACTTCCCGCGGGGCATCCTGCCGGAGGGGGTGGAGGGGTACGAGCTCGATCCGGACGGCGGCTTCCAGGTGTACTTCCCGCGGGAGTGCGAGTTCCTGCTAGCGAAGCAGTGGCTGGTCAAGTACGACACGCGCATCGCCGGCGCTGCCACCGCCGGCAAGCTCGCGGCGCTGCAGGGCATCTACGTCAAGGTACTCTTCCTGTGGATCCCCGTCGCCGAGGTCGACCGCGCCGGCGACCGCCTCAGCTTCTACATCGGCCCCGTCTCCACGTCCTTCCCGCTAAGCGACTTCGCCAGCAGCCCGCACTGTCGCGGCTATCACGACCGCGCCGCCGTCGCTGCGGCCGTCTCNTGAATCATATGCTTTTTACATGTGGGCTTCTGCTCGGTGATTTGCCTTGCTATTCATTAATGCCAGTGTTAGCTACTCCCTCTGTAAACTAATATAANAACGTTTANATCACTATTTTAACGATCTAAACGCTTTTATATTAATTTATGAAGGAANTACTTANCTACTGGTACTGGGGGGAAATANTAT 4 1 5' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 1e-19 100 -36.3 ....(((.(((.((((((((.(((.((.(((.((.(((((.((((((((..(((((((.(((...........))).)))))).).)))))))).))))))).)))..)).)))..)))))))).)))..))) (-36.3)