mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTCTGTAAACTAATATAAAAA TTTATATTAGTTTACGGAGGG GTACGTACTCCCTCTGTAAACTAATATAAAAACGTTTAAATCATTAAAGTAATGATCTAAATATTTTTATATTAGTTTACGGAGGGAGTATTGG CTTTGATCAAGGAACCACGAAAACTGTTTGATGCATGATTTTGCCATTATTACATCCAAGTCTACGGTCTCAAGGACTTGCCATAGCTACTTAACTAGTACGTACTCCCTCTGTAAACTAATATAAAAACGTTTAAATCATTAAAGTAATGATCTAAATATTTTTATATTAGTTTACGGAGGGAGTATTGGAAGGAGACAGCGTATAC 0 0 5' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 3e-23 tae-MIR1121 0.00002 -46.5 ....((((((((((((((((((((((((((((.(((((.(((((((...))))))).))))).))))))))))))))))))))))))))))... (-46.5)