mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTACTCCCTTCGTCCCATAAT TACGGGACAGAGGGAGTAGTTAG ATGCTACTTTTGTACTCCCTTCGTCCCATAATGTAAGATGTTTTTTGACACTACACTACAGTCAGAAAATGTCTTACATTACGGGACAGAGGGAGTAGTTAGGAGATT CTCATCCCTTGATCACGGAGGCCGTTAAGAAAATGGTTAGTTGATCATGCTACTTTTGTACTCCCTTCGTCCCATAATGTAAGATGTTTTTTGACACTACACTACAGTCAGAAAATGTCTTACATTACGGGACAGAGGGAGTAGTTAGGAGATTTTTTTTATAATCTAAATCTGATCCGTCTCCAATTTCCTTTCTTTTGCTGAAGTGGAAGTCTGACTTTATTTTCAGTTTAAGAAAAAGAGGAACTATTTGGATTACACCAGAAAGAAGTTGGAAATCGCAGCACGCATTGGATTGATTCCCACAAGTAAGAACAAACTTGACTATTTTACATGTCCATGTAATATGATAAGAATGATATTTCTGAATGATATTTTTGTTGTGTAATTTTGCTTGCAGCAGCCTAGAGGTCACTGCACAACGCGAGGGAAACCACGGTGAAGCAAAGGGTGCAAGAGTGAGCCGAGGGAAGCTATGGCGTGAGCGAAGAATGGTCTCTGGTGCTTATTCCACCCTGCGCCCTGTCCCATGAGCTGCAAGAGTGAGCTGAGGGAAGCTATGCCATGAGCTAAGGATGGGTAGCTTCCGGTGCTGATTATATCCTCCTCTCTGCCCCAATGAGCTGCTGGCTCTTTTATGATGTCATCGTCATGTAATAGCTTAAATTTTTTGGAGCGTANAACTTACTAGAAGCACAGGCGCCTGATGCTGCGCCCGGTTCC 2 2 5' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 1e-16 tae-MIR1120 0.00008 -48.9 ......(((((((((((((((.(((((.(((((((((((((((((((((...........))))))))))))))))))))).))))).)))))))))..))))))... (-48.9)