mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATACTCCCTTCATCCCAAAAT TTTGAGATGGAGGGAGTATTA ATACGTATTACATACTCCCTTCATCCCAAAATAAATGTCTTGAGCTTAGTACAAATTTGTACTCGAACTAGTACAAAGTTGAGACACTTATTTTGAGATGGAGGGAGTATTATATAACGA CAGATTGCTGATTTAGCCTTAAGATAGGATNAAGACCTTAGGAATTATTACAGGGTAACACAAGTCACGAGTCAGGAGACGCCCAGTTAAAGCTAAAGCTAAAGCTATACGTATTACATACTCCCTTCATCCCAAAATAAATGTCTTGAGCTTAGTACAAATTTGTACTCGAACTAGTACAAAGTTGAGACACTTATTTTGAGATGGAGGGAGTATTATATAACGAACAGAGTAAAAAGAAGAACAGCAGAGAACTATCCAACCCCTCTCCATTGGACACCTTTGAATCCAGCAGCCCTCCGTGTGGCAACTTCATTGCCACCTCCAGGAAACTGCAAGCTTTGTTGTTGAATATGCGATTGTTTCGCTCTTTGCAAATTTCCCAGCAAACTACCATGATCAGATAGGATAGGTCTTTCCTTCTGCACGGGGGAGCAAACCATCCTCCATCCTCAAGTGACAAAGCTGGCAGATTGGGTTATGGGGCCAGCCACGCTTGGCAAGCTTGTCAGCAGCCAAACACTTTCCTGGCGCAAATAGCAAACTGAAAATTTTCATCTTCAGAGGGGCCTTTAATCTGCCAGATGATGCTTGCGAGCAGAGAGTCTATTCTGCCCCATAACTGACATGGATAAGCCGATTTCACAGTACATTTCC 1 0 5' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 2e-30 far-MIR1122 0.0004 -42.2 ....((((...((((((((((((((.((((((((.((((((((.(((.((((...((((....))))...)))).))))))))))).)))))))).)))))))))))))).))))..... (-42.2)