mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGATACATCCGTATCTAGA TAAATACAGATGTATTAAGT ACTTATACTCCCTCCGTCTCAAAATTCTTCTCTTAGATTTGTCTAAATACAGATGTATTAAGTCACATTTTAATATTAGATACATCCGTATCTAGATAAATCTAAGACAAGAATTTTAGGACGGAGGGAGTATTTA TTTCCGAAACTTACGTTTGCAAAAATATTTCACACTTATGGAACAATACTACTTACCCTCCCATACTCAGTACTCTACCTCCATCCTGGTTTATTGGTTCTTCGTATTTAGTGTCAAATTTTAATCATAAATTTAACTAACAAATTGTAAATGCATGCCACCAAAAATTATACCATTGGAAACTACTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGTTTCCACTATGGACTACCATTTTAGAGTAGATTCACTCATTTTGCTTTGTATGTAGTCCATAGTGGAATCTTTACACAAACTTATACTCCCTCCGTCTCAAAATTCTTCTCTTAGATTTGTCTAAATACAGATGTATTAAGTCACATTTTAATATTAGATACATCCGTATCTAGATAAATCTAAGACAAGAATTTTAGGACGGAGGGAGTATTTAGGAACGGAGGGAGNNCNTTCAAATNCCAATNCNATGATNTAATTTTTTGNGACATGCTTTAACATTTTATTAGTTAACTTACGAACAAAATTTGACACAAAATACAAAGCGGGCCAGTAAACCAGGACAGAGGTG 3 0 3' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 5e-41 tae-MIR1122 1e-35 -65.3 ....(((((((((((((((.(((((((((.(((((((((((((((.((((.((((((((.(((...........))).)))))))).)))).))))))))))))))).))))))))).)))))))))))))))... (-65.3)