mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGATACATCCGTATCTAGA TAAATACGGATGTGTCACGT TACTCCCTCCGTATAAAAATTCTTGTCTTAGATTTGTCTAAATACGGATGTGTCACGTCACGTTTTAGTATTAGATACATCCGTATCTAGACAAATCTAAAATAAGAATTTTGGAACGGAGGGAGTACTTTAGAA TACTCCCTCCGTATAAAAATTCTTGTCTTAGATTTGTCTAAATACGGATGTGTCACGTCACGTTTTAGTATTAGATACATCCGTATCTAGACAAATCTAAAATAAGAATTTTGGAACGGAGGGAGTACTTTAGAACC 3 0 3' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 3e-45 tae-MIR1122 1e-34 -65.1 ((((((((((((...(((((((((((.(((((((((((((.(((((((((((((.....((......))....))))))))))))).))))))))))))).)))))))))))...))))))))))))........ (-65.1)