mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGATACATCCGTATCTAGA TATATACGGATGTATCTAGC GACAAATACTTCCTCCGTTCCAATTACTTGTCTTGGATTTGTCTATATACGGATGTATCTAGCACTATAATGAGTCTAGATACATCCGTATCTAGACAAATCAAAGACAAGTAATTCGGAACGGAGGGAGTAGAAA CTGGTGCTAATTAGTGCAGACTGACAAATACTTCCTCCGTTCCAATTACTTGTCTTGGATTTGTCTATATACGGATGTATCTAGCACTATAATGAGTCTAGATACATCCGTATCTAGACAAATCAAAGACAAGTAATTCGGAACGGAGGGAGTAGAAAGGAGTACACTCGATCAGAGTTGAATTATTACATAATCATATGAAATATATAAAATACTACTGGATATTACTTCTTTAAATGGTAGGAGATTTGTCCTCCACAGGTTTAAGCGCAGGAACTTCCATACTTGGAGGACCAAGATTTCCCTGATAAATCCTCTCTTGTCCATGTTATTCAGATTGCCCTATATTACGGAGACGGTTTTCTACTTGCGTCATATCTAGGCGTTCCTCAGGATTAAGTTTAAGACACTCCAGAGCGACTTTGCTAACCATTTCCAGGATCTCCATATCATTCTCGCTTGTAATATCATTATCAACAAAGTTCCTTACTCTTTGATCTTGACAAGCTAGAACAAAATTTTTTGCATAACTCATATTGTCATCATATATTGCAACCCTCCTTGTGATAAGCTCTATGAGAACAATTCCAAAGCTGTATACATCACTCTTCTGTGTAACTATCCCATGGACCATGTATGCTGGATCTATGTAAGCCTTGTCTNCAGTGACCCATTCCGTCTGCA 1 0 3' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 1e-44 tae-MIR1122 0.00000000003 -80.3 ......((((((((((((((((((((((((((((.((((((((((.((((((((((((((((.(((......))))))))))))))))))).)))))))))).))))))))))))).))))))))))))))).... (-80.3)