mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGATACATCCGTATCTAGA TAGATACGGATGTATCTCGC CTTTCATCTTACTACTACTCCCTCCGTTCCGAATTACTTGTCTTGGATTTGTCTAGATACGGATGTATCTCGCACTAAAATGAGTAGATACGGATGTATCTAGCACTAAAATGAGTCTAGATACATCCGTATCTAGACAAATCTAAGACAAGTAATTCGGAAGGGAGGGAGTACACNGCGGAGNGGG GTACTGTAATGTTCTTTTGCACTCTGAGTTACTCCCTCAGTCCCAAAATAAGTGTCTTAACTTTATACTAGCTCTAGCACAAATTTATATTAAGCTTAAGACACTTATTTTGGGAAGACCATGGGACATATAGTACACAAGCAGTTTTAGTTCGACAAAGCTTTCATCTTACTACTACTCCCTCCGTTCCGAATTACTTGTCTTGGATTTGTCTAGATACGGATGTATCTCGCACTAAAATGAGTAGATACGGATGTATCTAGCACTAAAATGAGTCTAGATACATCCGTATCTAGACAAATCTAAGACAAGTAATTCGGAAGGGAGGGAGTACACNGCGGAGNGGGNTTCCCACNTCNCAATGGGNAACNCCAGCTTTATNTCACCTGGCCCGAATCTCTGGCGANCGCAGCGACGCCGTCTGGGTGAANCAGCGCACCCCGGGCAGGTCGAGGATCTGTCTTCCCACGG 1 0 3' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 6e-32 far-MIR1122 0.000000000003 -96.1 ...((.(((......((((((((((.((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((...(((...((.(((((((((....))))))...)))...)).)))..)))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).))))))))))......)))..)). (-96.1)