mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGATACATCAGTATCTAGAC CTAGATACGGAGGTATCTAGC CTACGTACTTCCTCCGTTCTGAATTACTTGTCTTAGATTTGTCTAGATACGGAGGTATCTAGCACTAAAATGAGTCTAGATACATCAGTATCTAGACAAATCCAAGACAAGTAATTTGGAACGGAGGGAGTACATG TTCTTCATTCATTAAAAGCATATATGGTGAACGGGCGAGTGCGCGAGCTATACGACGTCGCCATCCCAACGCCACTCGGTCCTCTGCCCAAACTATGTCGTCATGACCACGTTTGATCGTGCCATCCCACGACGCTGTCACCACGGCCTTCAACCATGCATGTGATATAGCTACGTACTTCCTCCGTTCTGAATTACTTGTCTTAGATTTGTCTAGATACGGAGGTATCTAGCACTAAAATGAGTCTAGATACATCAGTATCTAGACAAATCCAAGACAAGTAATTTGGAACGGAGGGAGTACATGACATAACGGGAAAAAAAACTGGCCAAGACATGAACAACCTCACCCTACGTGGACAGCTTATTCTTGTGAAAATTAAGCCAAGTAAAAGTTGACGTGTGCAACGAGATTAAGTCTACAAGGTAGACCCCCCAGGAAGTGGATGAAGAACAAACTATTGCTGAACAAAGACCTTCTGGCTCGGATGATCTGGCAAAGCTGGGTGAACGGAGGCTAAACGGCAGGAGCAGCCGGAGAGCACTGTGCAGGCTGCTCGGTTACAGCTTTAGGCCTACGTGGTGGATCACCAACTTTGTGTTTAACATCTTCGGAGATCCCCCTGGGAGGCTTGACAGGTACATGTACAGGTGCAGGTTCAGGTGTGCCACAGGAACCATTGGTTACAGCGCCGCGATGCGTCCTAGGTGGTGGATCATGAATAGGGTGTCTAGGAATTTCGTGTCCAGGACCTTCAGAGATGTCCCGGGGAGGCTTGACAGGTACAGTTTCAGGTGTGCCACGTGAACCATTGGTTACAGCGCCGCGACGCGTCCTAGGTGGTGGATCACGA 2 0 3' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 4e-57 tae-MIR1122 0.00000000003 -81.3 ....((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((.((.((((((((.(((......))))))))))).)).))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))... (-81.3)