mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCCGTGAGACCTGGTCTTATA TGAGACCAAGTCTCATATAAA TGCCAGTGGGAAAAAAATTATATGAGACCAAGTCTCATATAAATCAGGTGAGACCCGCCTTGATGAATGACAGGTGGCATTCACCCCTGATATCAGGTGGGGGGTGGGGTGAATGATCTGTGATTTGTGAATGTCACGTGTCATCCATTAAAATGGGTCTCACCTGCTAATCCGTGAGACCTGGTCTTATAGAATTGTTTTCCATGCCAC CAACCCACGCGGCCGCGACTGGAGCACGAGGACACTGACATGGACTGAACACACACGCACTTGCGAGTGAGTGAGCGAGCCAGTCTTTCTTCTGAAACCATGTGCGAGTCCGCCTCCCTACTAGCTGCAGCCGGAGACCAAGACGGCCACCACCACCAGGGGGGAACCAAGGCAGCCGAGATGAACACGGGTGGCCTGCTGGACCCTTCCCCGGCAGCCCTCGGCCCGACCCCTCTTCCCGCGACGTCTCCGGCGCTCGTGTTCTACGAAGACGATTACCGGTACTACTACGATGACGACAGTTGCCTCCAGGAGGACCAGGAGGGCGACCACGACGCCTATCAACTCCTAGAGGACGAGGACGAAGACGTCGCCGCCACCGGGTCGCTTGCTGACAGGCTACGTGATCTCGTCCGTCAGAGGCTGGCCGAGGTTAACGCCTCCAGCGCGGTCGTCGCGGGGCTCGGCCTCGTCGGGAGCGCCGTCGGCGCCTACTTCCTCTGGCCCGCGGACGCCGCCACCGCAGCCGCCACCATGCCAGTGGGAAAAAAATTATATGAGACCAAGTCTCATATAAATCAGGTGAGACCCGCCTTGATGAATGACAGGTGGCATTCACCCCTGATATCAGGTGGGGGGTGGGGTGAATGATCTGTGATTTGTGAATGTCACGTGTCATCCATTAAAATGGGTCTCACCTGCTAATCCGTGAGACCTGGTCTTATAGAATTGTTTTCCATGCCACCGCCCGGGGCCGCCGGTTTCCTCATCTGCCGTGTGGCGTATGAAGCCAACTCTAAGCTCTACTTCAAGATCCTCCGCACTGCCGGGAGCGGCAGAGGCTGCCCGCGAATTCGCCGNGTAGTTGCATGGGAGGGCTGGCCACGTACCTACTGCTTAGTTCCGTCCCACGCCCCCCGATCGTTTTCTGGCCGTTGGCGTTGTTATATATCGCCATTAATGCACCAGCCGGTTGGTCTTGAATATTAACCCCCCGGGTGTATGGTTTTTTCTTTGAAACCCATTGGA 4 0 3' arm Triticum_aestivum mirnest 100 tae-MIR1123 2e-38 -88.2 .....((((((((..((((.((((((((((.(((((((......(((((((((((((..((((((.((((((.(((((((((((((((.((.....)).))))))))..((...((((...))))..)).))))))).)))))).))))))..))))))))))))).......))))))).)))))))))).)))).))))))))..... (-88.2)