mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCCCTCCGTTCGGAATTACTT GTAATTCCGAACGGAGGGAGT AAGACTTGTACTCCCTCCGTTCGGAATTACTTGTCATAAAAATGGATAAAAATGGATGTTATCTACAACTAAACCACATCTAGATACATTCATTTCTTGGACGAGTAATTCCGAACGGAGGGAGTATTTAGAA GGAGAGGGATATCATGTACTCCCTGCGTTCCTAAATATAAGTCTTTTTAGAGATTCAACTATAGACTACATGCGGAGCAAAACGAGTGAATATACACTCTAAAATATGTCTATATACATCCATATGTAGTTTGTAGTGCAATTTCTAAAAAGACTTGTACTCCCTCCGTTCGGAATTACTTGTCATAAAAATGGATAAAAATGGATGTTATCTACAACTAAACCACATCTAGATACATTCATTTCTTGGACGAGTAATTCCGAACGGAGGGAGTATTTAGAAACAGATGGAGTACAATAAAGTAGATGGCGTTTGGACAAGAAAGCCAAAGCAGTAGCGTCGATCAGGATTTCTCTGCGACTGCATATCCACCTCGTCCCTTTATTCTGGAATCCATATATTTGAAATTTGTGATCATAATTCATAAGATGCTCCTTAGTTTGTGTAGTCTGCAAGGAGAGCCTCAATAGCTGAATTCTTGGCATATACATCTTCATATCGGATTCGGTAGCCATGCCCAGGTAAAAACCACTCAAAATTGAAGTCCAGTAACTTCCTGATGCTGTCCAGTTGCACATCCACTGATTGCTTACTGTACATCAGAAAGAGGTTTAGATCATCTGATTCTTCTGATTTTGCGACATGGTCACCAGTAAATAGTGCCTTCAGAGGGTTTGTACAGCAAAC 0 0 5' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 5e-38 tae-MIR1127 2e-36 -58.7 ....((.((((((((((((((((((((((((((((....((((((((.....(((((((................))))))).....))))))))....))))))))))))))))))))))))))))..)).. (-58.7)