mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCCCTCCGTTCGGAATTACTT GTAATTCCGAACAGAGCGAGTA TACATAGTTCCATCATTACTACCCCTCCGTTCGGAATTACTTGTCTCGGAAATGAATGTATCTAAGAACTAAAATACGTCTAGATACATCCATTTCGCGACGAGTAATTCCGAACAGAGCGAGTAGTAAAGAACATATTGTGA ACCAATGCGGACTTTGACAGCGACGAAGATTTTGTGGTCATAAGGAGGCCGCTGCTTCTTGCCCAAGGTGCTCCAGCCTATCTCCCTACCACGGCCGACCCTAGAGGTGCCCACCCTGGCCTATGGAGCTCATCGATGAGGCAAAAGTATGGATTGAACTCCACAAGCGACTACACCTACAACACACTGGATCAAAATGCAGTACCACCACAGTGAGAATCTGCGTGACTGATGACGAAGTACATATCATATATGCAGTACACAAGTCATATGTTGCAATATGCCATGGTGTAATGGGCACTGTATACATTTGTACGCCCAGTTATTCTGTGAATCTCGGTTGTACATAGTTCCATCATTACTACCCCTCCGTTCGGAATTACTTGTCTCGGAAATGAATGTATCTAAGAACTAAAATACGTCTAGATACATCCATTTCGCGACGAGTAATTCCGAACAGAGCGAGTAGTAAAGAACATATTGTGAATGGTGNCCNGGTGGGCGGCTGCANTCTCGAGATCGCTACAATGCGAACTGGNCAATCCCAATCATCATGTGACAGCAAGAATGCGNTTTAAAAAAAAAAAA 3 1 5' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 1e-26 tae-MIR1135 1e-28 -53.3 ..((((((....((.(((((((..(((.(((((((((((((((((...((((((.(((((((((.((...........))))))))))).))))))..))))))))))))))))).)))...))))))).))....)))))). (-53.3)