mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCCCTCCGTTCGGAATTACAT GTAATTCGGAACGTAGGGAGT AACCATTCTACTCCCTCCGTTCGGAATTACATGTCGTAGAAATGGATGTATTTAGATGTATTTTAATTCTAGATATATCCATTTCCGAGACAAGTAATTCGGAACGTAGGGAGTATGTCTTT ATCAGGCATTATTTTCTTTCTTTTATTTGAGAGAAAAAGTATCAGTCACTCTTTTTCCATCTCTAGCTTGTTCTCTTTAGAGCAACTCTTGCACCGTCCCCTCCTGCTCCGGCATCAACCATTCTACTCCCTCCGTTCGGAATTACATGTCGTAGAAATGGATGTATTTAGATGTATTTTAATTCTAGATATATCCATTTCCGAGACAAGTAATTCGGAACGTAGGGAGTATGTCTTTAGAGCCTCTCCTTCTCCCCCTTTCCCTCGTCAGGCCGACAAAGACCGGAGTGGGACTTCCAGGCACTCTTTCCTTCATAACCAGCTACAGCTACGGCAGGCAGACACGCGCAACCGGCCACCCTGATGCTTTGGCGAACATCGCTTGCTCTTTGCATAAGTTTGTACACATACTTTTAATTTTGTCAGCGGTAGTAATTGCCAAGGGAAGCAATTCTCTTCACATGTACAATTGTAAACATGGCCACTCCTGGTCTTCTCACAAATTGGCAACTGGGCCGACAGCTGTGGATTAGGAGGAACCCAACGTAGCACCGGGAGCTTCTCCCTTGCGTTGTGTGTATACGGAGCAAAATTCACAAATGTGCAATT 3 0 5' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 6e-31 tae-MIR1135 2e-30 -52.9 ........((((((((.(((((.(((((((.((((...((((((((((((((((((..((...))..))))))))))))))))))...)))).))))))).))))).))))))))....... (-52.9)