mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCCCTCCGTTCGGAATTACTT GNAATTCCGAACGGAGGGAGN GTAGTACGTACTCCCTCCGTTCGGAATTACTTGTCGTANAAATGGATGTATCTAAACATATTTTAGNTCTAGATACATCCATATCCGANACAAGNAATTCCGAACGGAGGGAGNANNTNCNN CAGCGGGTTATCGCACAAAGNGTCACAAACATTATGTTATATGTAGTGTACGAGTAGCGTCACATCACATCACAATTATAAGTAGCATTCAGTATTTCAGGTCGGCAGTCATTGGTACATCCAGCAGTCTTCTATGGTTCGTTGGATTCCATATACAGTAGTACGTACTCCCTCCGTTCGGAATTACTTGTCGTANAAATGGATGTATCTAAACATATTTTAGNTCTAGATACATCCATATCCGANACAAGNAATTCCGAACGGAGGGAGNANNTNCNNNNG 1 0 5' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 2e-30 tae-MIR1135 9e-36 -50.9 ..........((((((((((((((((((.(((((((.....(((((((((((((...............)))))))))))))...)))..)))).))))))))))))))))))......... (-50.9)