mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCCCTCCGTTCGGAATTACTT GTAATTCCGAACGGAGGGAGT TCCATATACAGTAGTACGTACTCCCTCCGTTCGGAATTACTTGTCGTANAAATGGATGTATCTAAACATATTTTANTTCTANATACATCCATATCCGAGACAAGTAATTCCGAACGGAGGGAGTANGT ATGTAGTGTACGAGTAGCGTCACATCACATCACAATTATAAGTAGCATTCAGTATTTCAGGTCGGCAGTCATTGGTACATCCAGCAGTCTTCTATGGTTCGTTGGATTCCATATACAGTAGTACGTACTCCCTCCGTTCGGAATTACTTGTCGTANAAATGGATGTATCTAAACATATTTTANTTCTANATACATCCATATCCGAGACAAGTAATTCCGAACGGAGGGAGTANGT 0 0 5' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 3e-33 tae-MIR1135 9e-39 -59.7 ...............((.(((((((((((((((((((((((((((......((((((((((.((...............)).))))))))))......))))))))))))))))))))))))))).)) (-59.7)