mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCCCTCCGTTCGGAATTACTT GTAATTCNGAACGGAGAGAAT TTGTGTAGTACTCCCTCCGTTCGGAATTACTTGTCTCGGAAATGGATGTATCTAAAACTGAAATACATCTAGATACATTCATTTCCGCGACAAGTAATTCNGAACGGAGAGAATACAAATAA ATGGAGAGGCAAGGACGCACCCCGGCGACCATGCCGCCCCTCATGCACCCAGGGATGACCCGTTGATTCATCGCTCCGTCCGTGCCTTTTCCTCTCAAAACACACATCTAAAGTGAGCGTCCTTGTGTAGTACTCCCTCCGTTCGGAATTACTTGTCTCGGAAATGGATGTATCTAAAACTGAAATACATCTAGATACATTCATTTCCGCGACAAGTAATTCNGAACGGAGAGAATACAAATAATCTCCNTGCTGTTCGGCGTCTTTGCGGTGTCACAGCTTGCCTAGCTACTTGCAGGTTTCTGTACAATTAATACAGTGTAACACAGAACTACCACTTTCTGTAATGTTATTAGAAATTATGTATTTATAGTTTGAAGTTGTTATGAGTAAAAAAAAA 2 0 5' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 4e-35 tae-MIR1135 1e-31 -57.5 .......(((.((.((((((((.((((((((((((.((((((((((((((((((...............)))))))))))))))))).)))))))))))).)))))))).)).)))...... (-57.5)