mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AACCAACGAGACCAACTGCGGCGG GCCACATTCGGTCTTGTTGGTTAA TTCATGTTTGGCCGTAAATTTAACCAACGAGACCAACTGCGGCGGGAACAAAAATTATATCGCTGAATTATATCAAAAATACNAATTCAGTAGCATAGGTTTTGCTCCCGCCACATTCGGTCTTGTTGGTTAAATTTACGGTCAAA CAGACCATACATCCCANTTAGACCGNTCNGCTAGGGAAGAAGGNGGCCCAGCCCATGAAGCCCGCTATACAGCTTCGTGCAGATCATGCAATCCATCTTCAATGTACGTAGTATAGCCCCATGTGAAGCAGGGGCAGCCCCATCGCTGAATAATACTCCCTCCATTCCACTCCATTCCACAATGTANTGTGCCCGCGTTTCCCGAGATTCATGTTTGGCCGTAAATTTAACCAACGAGACCAACTGCGGCGGGAACAAAAATTATATCGCTGAATTATATCAAAAATACNAATTCAGTAGCATAGGTTTTGCTCCCGCCACATTCGGTCTTGTTGGTTAAATTTACGGTCAAA 4 0 5' arm Triticum_aestivum mirnest 100 tae-MIR1125 1e-69 -67.8 ......((((((((((((((((((((((((((((...((.(((((((.(((((.((((...((((((((.(((.....)))..))))))))...)))).))))).))))))).))...)))))))))))))))))))))))))))) (-67.8)