mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTACTCCCTCCGTCCGGAA TCGGACGGAGGGAGTACGTCTT CTTCCTCAACTTACTACTCCCTCCGTCCGGAAATAGTTGTCATCAAAATGGATAAAAGAGGATGTATCTAGATGTATTTTAGTTCTAAATACATCTTCTTTTATCCATTTTGATGACAAGTATTTTCGGACGGAGGGAGTACGTCTTGTGCTTT AAATAAGTGAAACAATACCACACAGGCAGGAGATTCAGTACAGCAAAAGCCTCTGGCCCAAATTCAGAAATAAACAAAACGAAACTCGATACAGTATTTCCTGGGCACCTGCCCAAAGGAAAACAGGACAATTTCTTTCTTCACCGGCTCGTTACACATCCATAAACAGGGTACTTGTGCATCTTCAACATTGACAAGCTTCCTCAACTTACTACTCCCTCCGTCCGGAAATAGTTGTCATCAAAATGGATAAAAGAGGATGTATCTAGATGTATTTTAGTTCTAAATACATCTTCTTTTATCCATTTTGATGACAAGTATTTTCGGACGGAGGGAGTACGTCTTGTGCTTTGCACGTCAAAGCTAACGCGCCACCAGTCCTGAACTTGAGCAATCTAACAGCTAAACAACCGTGGAAACATCCAGGTCTTCCCCATGAATTCCGCGGTGCTGTCCATGAA 1 1 5' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 2e-50 tae-MIR1128 3e-48 -82.1 ........((..(((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((((((((((.((((...((....)))))).))))))))))))))))))))))))))))))).))))))))))))))))))))).))...))..... (-82.1)