mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTGGAACGGAGGGAGTATA TACTCCCTCCGTTCCAAAATA ATCAAGTAACAACTGTAGCATGTACTCCCTCCGTTCCAAAATAGATGATCCAACTTTGTACTAACTTTAGTATAAAGCTGAGTCATCTATTTTGGAACGGAGGGAGTATATGATATGAAATAAGAAGAT TCGGCACGAGGCGACAGAAAGCTTATGTGGAAGAAAGAGTTTGATTCAAGTTATGTTGGCTTCATGGAGGACGGTGCTCAGTGGTTGATTGATAACACTGTCATCCAACTAGTTGGAGTTGATTACTTGTCTGTGGGAGCATATGATGAATGTATTCCAGCTCATCTAGTTTTTCTTGATAAAAGGGAAGTCATCCTTGTGGAAGCATTAAACCTTGAACATGTTGCCACTGGAATATACACCTTGCATTGCTTGCCACTAAGGTTGCGCGGCGCTGAAGGTTCTCCAGCGAGATGCATCCTCATCAAGTAACAACTGTAGCATGTACTCCCTCCGTTCCAAAATAGATGATCCAACTTTGTACTAACTTTAGTATAAAGCTGAGTCATCTATTTTGGAACGGAGGGAGTATATGATATGAAATAAGAAGATATGTGTATCACGTACACGGTACATCAATATGAATTTGCAAATGGATGTGTCCAATCTCCAGTAGATAACAGATGAAACATGCTAGTCTGTAGATTTCTGCAAGTACACTTGCTTTGAATCTGGCATCTCTGTACAATGTAAAAGGTTACTAGCGACTCTGTGAATTTCAGTGTTAAA 0 0 3' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 2e-30 tae-MIR1137 1e-25 -61.4 ....(((....)))(((.(((((((((((((((((((((((((((((((.((.((((((((((....)))))))))).)).))))))))))))))))))))))))))))))).)))............. (-61.4)