mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTGGAACGGAGGGAGTATG TACTCCCTCCATTCCATAATG TTGCCTACAACATACTCCCTCCATTCCATAATGTAGTGCTTCCTCTATCCACGTGCTTCAACTTTGACCGTAAATTTAACTACCAAGACCGATTGCGGCGGAAGCAAAAATTATATCAGTGAATTCGTATTCGAAAGAAGTTTTCAATTATATAATTTTTTCTCCCGCCGCAGTTGGTCTCATTGGTTAAATTTATGGTCAAAGTTGGACCTCCGGAAGCGCGGGCGCACTATATTTTGGAACGGAGGGAGTATGACACAGCAC CNTTGTGGCTCTCTCTTGAAAAGTTGAAACGAACCAACATAAAAAAAAGGAACNGACAAAATCTGAAAGACCTGAGCNGGATCTATAAAATCTTCAAGGCAAACAATCATTGCCTACAACATACTCCCTCCATTCCATAATGTAGTGCTTCCTCTATCCACGTGCTTCAACTTTGACCGTAAATTTAACTACCAAGACCGATTGCGGCGGAAGCAAAAATTATATCAGTGAATTCGTATTCGAAAGAAGTTTTCAATTATATAATTTTTTCTCCCGCCGCAGTTGGTCTCATTGGTTAAATTTATGGTCAAAGTTGGACCTCCGGAAGCGCGGGCGCACTATATTTTGGAACGGAGGGAGTATGACACAGCACAGTGTTATATTGTTTTCGGTTTAATACGATAGCCATCTCACAAAATGGCACCTGGATAGGTAATATTTTGGCCCTGATTACTGAAGCTTCCCTCAGATGGTAATGCAACTTACTTGGCCATCATGACTTTAACAAATTCATCATAGTTGATCTGGCCATCACNATCAACATCAGCCTTCACGGACCATCTCGTCAACCTCCTCATCAGGTCAACTTCTCACCCAAGGGTTGGTCATGA 2 0 3' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 0.00002 tae-MIR1118 5e-27 -119.9 .(((......((((((((((((.(((((.((((((((((.........((.((((((((.((((((((((((((((((((((...((((((((((((((((.((.(((((((((((...((((......(((....)))...))))...))))))))))).)).))))))))))))))))...))))))))))))))))))))))(((....))))))))))))).)))))))))).))))).)))))))))))).....))). (-119.9)