mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTGGAACGGAGGGAGTATT TACTCCCTCCGTTCCTAAAGATA TTCCTTTTTAATTTGGTTCTAAAATAATCTAATACTCCCTCCGTTCCTAAAGATACATGATGTTTTTGTACTAAGTTGAGACAGTTATTTTGGAACGGAGGGAGTATTAGATTATTTTGTTCCTTTTTAATTTGGTT CCACGCGTCCGNNNTTATTTTGTTCCTTTTTAATTTGGTTCTAAAATAATCTAATACTCCCTCCGTTCCTAAAGATACATGATGTTTTTGTACTAAGTTGAGACAGTTATTTTGGAACGGAGGGAGTATTAGATTATTTTGTTCCTTTTTAATTTGGTTCTAAAATATAGTTTCAGAGTGATCATTTTGCATCAGCCAAGCTTGCCCTTGTTATAAATAATTGTTCTGTTGTCCTCAATTCACTTTCTCGGTTTTTTAATGCTACAAGTATTATTGGTCCAGTTTTTTTTAGTTATTCATCATGCCATTTTTCTTTCTGCCTTTGTAGCTGAAAGATTAGCAAGACTGGCTAAATTCTGAACATGTTCCATGTGAGAGAAATAGCATGTTGATTTCATCTTGAAATAATCATAGCTGAGGGACGAGCTTCGTAACTAAGGGTCATGTGTNNNGCTGAAGGAAGAAGTTGCGAGGCTTGGAACTCTCCTTGTAAAGGGCTCNNNNCAGCAGTGNGGACAATGCCTCTTTAGTTGTAATTGTGATACTCCTGATCTGCAAGTANNCACTCCTGTGATACTAAATGTNNGNTNNNNAGTACNNN 0 2 3' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 0.0000000001 far-MIR1122 0.00003 -50.6 ..((...((((...((...((((((((((((((((((((((((((((..((((((.....((((((...((...)).))))))..))))))))))))))))))))))))))))))))))..))...))))...)).. (-50.6)