mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTGGAACGGAGGGAGTATG TACTCTCTTCGTTCCTAAATA TTCTTTAATAAGTACTCTCTTCGTTCCTAAATACAACCCTTTGTATAGATTCCATCATGGACTACATATGGAGCAAAATGAGTGAAGCTAAACTCTAAAATGTATCTGTATACATCTATATGTGATACATAGTGGAAATCTCTACAAAGACTTATATTTTGGAACGGAGGGAGTATGATAGTAGTA AATGTAGGGCGTAGGCGTCGAGGGTCGAGATAGAGAAACATGCGAAGGAAATGCTGATGGCGGAAGTTTTTTTCCCGGTGCAACGCGCGGGCATATTTGCTAGTATTACTAAAACAGATAACGTTTAATTGGTCAGCTAATGTTCCTACTTTACTTTCGAAAAGCATGTGCACCACATATAGAGAGACAGCAGGGAGTTGCATTCTTAATGCGCTCTAGTTCATGATGTGTGGGCACTGCGCAACGAACATTTTATTATCCAAAATCTGCTTGCTCTTCTTTAACATGTTTCTTTTCCGTTCTTCTTTAATAAGTACTCTCTTCGTTCCTAAATACAACCCTTTGTATAGATTCCATCATGGACTACATATGGAGCAAAATGAGTGAAGCTAAACTCTAAAATGTATCTGTATACATCTATATGTGATACATAGTGGAAATCTCTACAAAGACTTATATTTTGGAACGGAGGGAGTATGATAGTAGTACAGTATGTTCCTTGTAGTGATGATGAGCAGGGACATTTGCAGTGTAGAGGTCTATACGGTCGGTTGTGATGGACACTTTGAACTTTTCGGGCCTCTTTGATTTGTAGGATTTTGTAAACATAGGAATAGGATTTGTAGTGGCCTGCCCACTTGAATCCTATAAGAAGCAAGGAAATGCGGGGAGCTGTGTCGCCTTTGAGAATTACACTGATATTAACAGTATCGCACCTTCGGTTGAAGAGAGCTGGTATCCGAAGCCTTTCTAGCCGTACTGGCAATACTAGCACATATATTCCAGCAAGTTTCACTTTGCTGATTTTACTCCTGATGCTTA 2 0 3' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 2e-28 tae-MIR1126 5e-26 -56.7 ...........((((((((((((((((.(((((.((..(((((((.(((((((((.(((...(((((((((((((....((((........)))).....)))...........))))))))))...))).)))).))))).)))))))..)).))))).)))))))))))))))).......... (-56.7)