mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTGGAACGGAGGGAGTATG TACTCCCTCCATTCCATAATG TTGCCTACAACATACTCCCTCCATTCCATAATGTANTGCTTCCTCTATCCACGTGCTTCAACTTTGACCGNAAATTTAACTACCANGACCGATTGCGGCGGAAGCAAAAATTATATCANNGAATTCGTATTCGAANGAAGTTTTCAATTATATAATTTTTTCTCCCGNCGCAGTNGGTCTCATTGGNTAAATTTATGGTCAAAGNTGGACCTCCGGAAGCGCGGGCGCACTATATTTTGGAACGGAGGGAGTATGACACAGCAC ATTCATTANCACATTGATGGNTACACTCTTGAAAAGTNGAAACGAACCAAACNTAANAAAAAGGNACAGACAAAATCAGAAAGACCAGAGCAGGATCTATAAAATCTTCAAGGCAAACAATCATTGCCTACAACATACTCCCTCCATTCCATAATGTANTGCTTCCTCTATCCACGTGCTTCAACTTTGACCGNAAATTTAACTACCANGACCGATTGCGGCGGAAGCAAAAATTATATCANNGAATTCGTATTCGAANGAAGTTTTCAATTATATAATTTTTTCTCCCGNCGCAGTNGGTCTCATTGGNTAAATTTATGGTCAAAGNTGGACCTCCGGAAGCGCGGGCGCACTATATTTTGGAACGGAGGGAGTATGACACAGCACAGTGTTATNTTGTTTTCGGTTTAATACGATAGCCATCTCACAAAATGGCACCTGGATAGGTAATATTTTGGCCTGATTACTGAANCTTCCCTCAGATGGNAATGCAACTTACTTGGCCATCATGACTTTAACAAATTCATCNTAGNTGATCTGGCCATCACCATCAACA 2 0 3' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 0.00002 tae-MIR1118 3e-25 -89.5 .(((......((((((((((((.(((((.((((((.(((.........((.((((((((..(((((((((.(((((((.(((....((((.((((((.(((.((.(((((((((((....((((....)))).((.(((...)))..))))))))))))).)).))).)))))).))))....))).))))))).))))))))).(((....))))))))))))).))).)))))).))))).)))))))))))).....))). (-89.5)