mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTGGAACGGAGGGAGTATG ACTCCCTCCGTTCTAAAATA ACATATTGTACTACTCCCTCCGTTCTAAAATAGATGACCCAACTTTGTATTAATTTTGTACTAAAGCTAGTATAAAATTGAGTCATCTATTTTGGAACGGAGGGAGTATGTATTAGCCG GACGCTCACGGTGCAAAATGTTGCGTCCTGGTTGGTCCAAGGCATGGTACCGAGAGGGCTCAGCTCTCAGTTTCATGGAGGATTACCAAGGGGCAGTTGATGCGTTCCAGGAGGCGCTGAGACTTGACCCTGAGAGCAGTGAGATCAAGAAGATGTTAAGTGAGGCCAAAAGCAAGGCTACTCGCTAAAGAGTAGAACCCGTGATGGAGCTGACATATAAGCAAGTGCCTATGTCCTACATACCTGTGATCATCCTGTCTTTTCACGGGCTACTAATCCACTACCAGGCCTGCTCGTATTGCAGCCGTTGACAAGCTAGCTACTTTTGAACTGTGCTCGAGGGCAGCTGCGGAGCTTCATCAGGAATAAGAGGAATCAAACATATTGTACTACTCCCTCCGTTCTAAAATAGATGACCCAACTTTGTATTAATTTTGTACTAAAGCTAGTATAAAATTGAGTCATCTATTTTGGAACGGAGGGAGTATGTATTAGCCGTGAAGAAGAATGAGTTGTTAGATGCACCAACAAATATATAGTTCATGAAGATCTTTCACCTGAGATAGACGAGGCCAGCATGGAAATCCCTTGCAAGTCAAAATCCCCTCCAGCCACGTTGGGCAGGGGATTAACCAAACATAGCCTAAGGGCCTTTTTTTTTGACATCAACAAAAAAAAAA 1 0 3' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 9e-30 tae-MIR1137 0.000000000000007 -55.2 .......(((((((((((((((((((((((((((((((.(((.(((((((((.(((((...))))).))))))))).))).))))))))))))))))))))))))))).))))...... (-55.2)