mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGAATACTCCCTCCGTCCAGA CGGACGGAGGTAGTATTTTTT ATCCAATTTATTGAATACTCCCTCCGTCCAGAAATACTTGTCGCATAAATGGATGAAAATGGATGTATCTAGAATTAAAAGTACATCTAGATACATTCATTTCAATGACAAGTATTTTCGGACGGAGGTAGTATTTTTTTACAGTTC AGAATCCAGCGTACGGTTTTTTCATAGCTTAAAATGCTATGAAGACCGACTTATTATGAACTGTGATCCAATTTATTGAATACTCCCTCCGTCCAGAAATACTTGTCGCATAAATGGATGAAAATGGATGTATCTAGAATTAAAAGTACATCTAGATACATTCATTTCAATGACAAGTATTTTCGGACGGAGGTAGTATTTTTTTACAGTTCTTTGGAATTCTTATTTTTATGCTTAACAAGAATATGCTGAATGTCGTTCTAATTTATCTTTAGTAAGCAGGCAAATTCAAATTGGCTGAATGTTGTTTCAAGTTAGATTGGATTGGAGAATCTGCATGGCTGGCTTATTCAAAGTGGGTTTGTCATTCAAATTCAATTGGATTGGAGAATCTTGGGGCTGTGCTTGAGTCTGAAATAGCTTTGAGCTGAATATTTTTCAATTTAAAAGATAAAAGATGAATAAATGGTTGATCTTCAGCTCTGAACTGGAAAGAGCATTCCAGCAAACAAATTGCTGGGAATGATGGTTCGACTCCATCAAGATCCTTCGTAAAAAGAAATGGGATGTAAATTTGATCACTCGCCATTCTATCCTCATGGTGCCGAAGAAATTCTAGACGTGTGTATTCAAGGATCGGTGGACAATGACTTTTATTGCATGGCACTATCTGTTCTCCGTAAAAAGGGCGCATAATCTGGCCTTGAAGCGTAG 3 0 5' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 1e-32 tae-MIR1127 0.000000002 -56.1 ............(((((((.(((((((((.((((((((((((((((......))).(((((((((((((((((............)))))))))))))))))...))))))))))))).))))))))).)))))))........... (-56.1)