mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTACTCCCTCCGTTCCTAAA TAGGAACGGAGGGAGTATGAA AATGAATGATATGTACTCCCTCCGTTCCTAAATGTAAGTCTTTTTAGATATTTCAAATGAACTACCACATACAGATGTATATAGACGTATTTTAGAGTGTAGATTCACTCATTTTACTCCGTATGTGGTCACTAGTTGAAATCTTTAGAAAGACTTATATTTAGGAACGGAGGGAGTATGAACAAACAAC TAGATCACATGGTGCTTCAACAAATTCGCCAGGAATCAAAACTGGAATTGACACAACATGCCTACCTAATTTCAAATGAATGATATGTACTCCCTCCGTTCCTAAATGTAAGTCTTTTTAGATATTTCAAATGAACTACCACATACAGATGTATATAGACGTATTTTAGAGTGTAGATTCACTCATTTTACTCCGTATGTGGTCACTAGTTGAAATCTTTAGAAAGACTTATATTTAGGAACGGAGGGAGTATGAACAAACAACACCTCCCACTCCATTCCCAGGGTGGGTAACAAACAAGATGATTAATGATTTTGGGATGAAGAGGGTGGGTACCCTTTGACTGGGTGCTCCCGGGGTTGTGCTTGCTCGCTCTTGGTGTTGATGAAAAGAAAAGGAGATCCTTCTTCTCCTCAGACGATGAACACATGAGCAGGCCGCCAGGCGAGGAGGTCGCGGTGATGGGAGCGCAGACATCCTGGTGGTCCTTCTCCTCCAACGAGGAACCCATCAGCAGAGTAGCAGGCCGCCGGGAGAGGTCCTCCGATGAAGGGGGTGCTGACGTCCCGGTGGTCCTTCGCCTCCTCTACGATCATAAATTCTAGTTTCATAGCAGACTCTTTTGCAGCTTCAGGATCTGCCTCCAAGCCTGCTGAGGATGCCTTCAGTTTGTCCATCTTGAACAACCGGTGATATGTCCTGGATTTGATCTTCTTCACACGCTTTGCTTTCTTTCATTTCATTACGTAACGGAAGGATGCACATCTT 1 0 5' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 4e-36 tae-MIR1126 1e-20 -74.8 ............((((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((.......(((((((((.((.((((......)))).)).(((((..((.....))....))))).)))))))))......))))))).))))))))))))))))))))))))))))))))))))........... (-74.8)