mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACTACTCCCTCCGTTCCTAAA TAGGAACGGAGGGAGTACTAG TAACTCAAGTTACTACTCCCTCCGTTCCTAAATACTTGTCTTTCTAGGCATTTCAACAAGTGACTACATACGGAGTAAAATGAATGGATCTACACTTTAAAATATGTCTACATACATCCGTATGTGATAGTCATTTGAAATGCCTAGAAAGACAAGTATTTAGGAACGGAGGGAGTACTAGTCTACTAC CATTCCTCGCCGCCGCCGCTCCGTACCCGCTCGAAGCCAACCCGACCATGGCGGACGTCGACGTTGACACGGAGGTGGCCGCGGGCGCGCAGCCGAAGAAGAGGACGTTCCGCAAGTTCAGCTATCGCGGCGTGGATCTCGATGCCCTCCTCGACATGTCCACCGACGACCTTGTCCAGATGTTCCCCGCTCGCGCCCGCAGAAGGTTCAAGAGGGGTCTCAAGAGGAAGCCCATGGCGCTCGTCAAGAAGCTGCGCAAGGCGGTGAGTTGCCCAGTCCTTTTTCTTTGTTTCCGTTTTATGAACATTCTGACTGATATAACTCAAGTTACTACTCCCTCCGTTCCTAAATACTTGTCTTTCTAGGCATTTCAACAAGTGACTACATACGGAGTAAAATGAATGGATCTACACTTTAAAATATGTCTACATACATCCGTATGTGATAGTCATTTGAAATGCCTAGAAAGACAAGTATTTAGGAACGGAGGGAGTACTAGTCTACTACCTTATACGGTATGATGCCTGGATCTGTCTACTTCTCACTACTGCGGGACTCAGGGATTTTAAGTTAGTTGTTTGGTTTCTGTCACAATAAATGTTTATGTTACCATTGTCTTCTCTTATTAAAAGGTTAATCTTAGCGTCATGTGCTGATTGGTACTGGGAAATAGACATTCTGTTACTCGAGCACATGCTGTTAATTCAGGTGCCTCTTATGTCTCCTCCAACAATCTTTAAGATCTATTGGCTACATGCTCGTGCATTGCTATCAATATTTTTTGTTTTGGTTGCAAGTTTAAACACTTGTGCCATCATA 1 0 5' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 3e-18 tae-MIR1122 3e-18 -90.4 .......(((((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((...((((((((((((((((((...((..(((((.((..........)).)))))))))).)))))))))...))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).))).))..... (-90.4)