mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCTACTCCCTCCGTTCCTAAA TAGGAACGGAGGGAGTAAAAT GATAATTGCAACCTACTCCCTCCGTTCCTAAATACTTGTCTTTCTAGGCATTTCAACAAGTGACTACATACGGAGCAAAATGAGTGAATCTACACTCTAAAATATGTCTACATACATCCGTATGTAGTAGTCATTTGAAATGTCTAGAAAGACAAATAGGAACGGAGGGAGTAAAATACATCCGC CACANGCTATTTAGANTTAGGCCTATCCAGGTGACTATATTGAACAAGTTTGTACAAAAAAGCAGGCTGGTACCGGTCCGGAATTCCCGGGATATCGTCGACCCACGCGTCCGATATTTGGAAGAAGCCGGAGGATTTGATTCTTAATTACAGAGTGGTCCAATCAAGATAATTGCAACCTACTCCCTCCGTTCCTAAATACTTGTCTTTCTAGGCATTTCAACAAGTGACTACATACGGAGCAAAATGAGTGAATCTACACTCTAAAATATGTCTACATACATCCGTATGTAGTAGTCATTTGAAATGTCTAGAAAGACAAATAGGAACGGAGGGAGTAAAATACATCCGCTCGTTTGGTTCACCATAGGTGCTGAGCATATCTGCATTGGAGATGGCATCGTTGAAGATAACCATATGACCTATAGGATGCAAGTGTTCCATTCTTGTGCTGCTCTTTGGTGCCGTTCCCAGAACTACAGCAACTTAATTCCTCTCTGTAAGTTCTGGATTGATCTGTATCTCGGTTCACCAGGCTTCTAGTGAGATGTATCATAGCACAGTTTATGTTCTGTACCNCTACAGGCTTGTTATCTAGAATTGGATCTCCATAACTCTTGAANNNGATATTTCCCCCCCACAGTTATTCGTGAAAATTTTTGCTGTTGGACTACTGTTCACTCTGGGTGGGGGAAAAAAAAAAAAAAAAACTGTGCCCCCTTTTCTCCGGGGTGGGGTTTCCNNNAATTNNNNNNAANAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGCCCCTTTAAAATTCCCCTAGGGGGGCCCAAATTTTGGGGACCCCGGTTTTTTTGTGAAAGGGGGCCCCTTTTTGG 4 0 5' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 1e-23 tae-MIR1122 7e-25 -75.4 .............(((((((((((((((((.....(((((((((((((((((((((...((((((((..(((.........(((((......))))).......))).(((((((....)))))))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))))............ (-75.4)