mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCTACTCCCTCCGTTCCTAAA TAGGAACGGAGGGAGTAGAAA CAATTGTTTGGGGACATGTCTTCTACTCCCTCCGTTCCTAAATATTTGTCTTTCTAGAGATTTCAACAAATGACTACATACGGAGCAAAATGAGTGAATCTACACTCTAAAACATGTCTATATACATCCATATGCGGTAGTCCATTTGAAATCTTAAAAAGACAAATATTTAGGAACGGAGGGAGTAGAAAATGTTTATCAGTGAGAAA ACGCTTGACCTTAGGCCTATTTAGGTGACACTCTAGAACAAGTTTGTACAAAAAAGCAGGCTGGTACCGGTCCGGAATTCCCGGGATATCGTCGACCCACGCGTCCGCAGGGGCCGTCACTGCTGCTCGGCGCGCTGGAGCTGGACTGGTGGGTACCGGGGCGTTGCCGCTGTGATGCCAGAGCCAACTGCACCCAGTTCCCAGCGACAAAGACGCGGCCGGAGGCGTTCCAGTGCGAGTGCCCGGAGGGCCTCCAGGGCGACGGCTTCGTCGACGGCACCGGCTGCTGGGAAGTTCCTACTCTTCTGTTGGCCTGTTCTTCAAAGCTTCATTGGATCCAGGGATGAGAAGGGGCGAACGGGGAATGAGTGTTGCAGCCTTGGAGATCTGGGAAGCTACATCGACAATTCGACATCAAGCCATATGCCCATATTCAGCTGCTTTTGTTCCCTGTATTGACTATTTTTCTGCAATTGTTTGGGGACATGTCTTCTACTCCCTCCGTTCCTAAATATTTGTCTTTCTAGAGATTTCAACAAATGACTACATACGGAGCAAAATGAGTGAATCTACACTCTAAAACATGTCTATATACATCCATATGCGGTAGTCCATTTGAAATCTTAAAAAGACAAATATTTAGGAACGGAGGGAGTAGAAAATGTTTATCAGTGAGAAAAGGAAGTGAAAAAACTAAAGAGATGAACTGGTATGATCCCAGAAAAGTTCAATTGACAACTTTTTTAGAGCCAGTAGTTCTTCGAAGAAATTAAAGTGTACAAAAGTATATTTGGCCTTCTTACTTGGCTCAAAAGACTTGAAGTTATTGAATGG 0 0 5' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 1e-30 tae-MIR1122 5e-20 -76.5 ..((((.....((((((...(((((((((((((((((((((((((((((((((...((((((((((.....(((((((((.((((((....(((((......))))).......))).........))).)))...))))))...))))))))))..))))))))))))))))))))))))))))))))).))))))..))))...... (-76.5)