mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTTACTCCCTCCGTTCCTAAA TAGGAACGGAGGGAGTATATA TTACGCAAATTGTTACTCCCTCCGTTCCTAAATATTTGTCTTTCTAGCCATTTCAAATGGAATACAACATACATCCGTATGTAGACATATTTTAGAGTGTAGATTCNCTCATTTTGCTTTGTATGTAGTCACTTGTTGAAATCTCTAGAAAGACAAATATTTAGGAACGGAGGGAGTATATATTACTATT TCGCTCTTTTTAGAAATTTCTATGAACAAGGAAACCCGAATGCACCGAAGCCTCACAGACCTGTCCGAGTGGATCAGCAGTGACTGGTTTGTTAGTCGTGCTGACGAGGAAGATCTCAGATCTACATCCTACAGGTCAGGCGATTCAAGAAGATTCTCTCCACTATTGATTAGCTTGTGTTAACACTGAATTCAGCCTTACTCAGTTGCAGCTATCTATCATCTAGACATTTGGTTTCTCCTTTATGGGAAAATAAAAGAGAAACCAAATGTGTTACGCAAATTGTTACTCCCTCCGTTCCTAAATATTTGTCTTTCTAGCCATTTCAAATGGAATACAACATACATCCGTATGTAGACATATTTTAGAGTGTAGATTCNCTCATTTTGCTTTGTATGTAGTCACTTGTTGAAATCTCTAGAAAGACAAATATTTAGGAACGGAGGGAGTATATATTACTATTGCTCTTAAATGCAATTCAATTGATAGTTTGATCAAAAAAAAAA 2 0 5' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 8e-19 tae-MIR1122 0.000000000000003 -71.2 .......(((...((((((((((((((((((((((((((((((((((..(((((((..((......((((((....)))))).(((((((..(((((((..((.....))....))))))).)))).))).))..)))))))..))))))))))))))))))))))))))))))))))...)))...... (-71.2)