mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCTACTCCCTCCGTTCCTAAA TAGGAACGGAGGTAGTAGTAA GCTGAACCATAGGAACAATTTTCTACTCCCTCCGTTCCTAAATATTTGTCTTTCTAGAGATTTCAACAAGTGACTACATACGGAGCAAAATGAGTGAATCTACATTCTAAAATATGTCTATATACATCCGTATGTGGTAATCCATTTGAAACCTCTAAAAAGACAAATATTTAGGAACGGAGGTAGTAGTAACTGTTTACATGCTGAGAT AATGCGGTGACTTTCTTTTCTCCACCTGAACTTCCGACATGTAACAAGATTATCGACAAGCATGCGATATTTTTGTTGTTGTAAATGCTGCTGAACCATAGGAACAATTTTCTACTCCCTCCGTTCCTAAATATTTGTCTTTCTAGAGATTTCAACAAGTGACTACATACGGAGCAAAATGAGTGAATCTACATTCTAAAATATGTCTATATACATCCGTATGTGGTAATCCATTTGAAACCTCTAAAAAGACAAATATTTAGGAACGGAGGTAGTAGTAACTGTTTACATGCTGAGATTGGCCCCAAGGTTGACGCTGTGTGCCGTATACCTTGCTCTCTGGAGAAAAGAAAAATTAGGATGGCAAAAAAAAAA 2 0 5' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 8e-38 tae-MIR1122 5e-23 -76.7 .......(((..(((((.((..(((((.(((((((((((((((((((((((((.(((((.((((((......(((((((((((((((....(((((......))))).......))).........)))))))))))).......)))))).))))).))))))))))))))))))))))))).))))).)).)))))..)))....... (-76.7)