mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAACTTACTTCCTCCGTCCAA GGACGGAGGGAGTAAGACTCA TAGCTTTTCTGAAACTTACTTCCTCCGTCCAAAAATACTTGTCATCAAAATGGATGTATCTAGAACTAAAATACATCTATGATACATCTATTTCAATGACAAGTATTTCCGGACGGAGGGAGTAAGACTCAACGATGGC GTTAAATTTCCAATTGCCATCACCACGCTCAAGTTAAGAGCTGTAACCTAAAAATACATTGCATCAAAATGGACATTCTAATAGCTTTTCTGAAACTTACTTCCTCCGTCCAAAAATACTTGTCATCAAAATGGATGTATCTAGAACTAAAATACATCTATGATACATCTATTTCAATGACAAGTATTTCCGGACGGAGGGAGTAAGACTCAACGATGGCCGCTCTTGTTCAGTTATTCACACTATCATTGCCGAGGAAAAACATAGCACGG 4 0 5' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 7e-34 tae-MIR1135 8e-18 -61.3 ..(((..(((((..((((((((((((((((..(((((((((((((..(((((((((((((((((...........)))).)))))))))))))..)))))))))))))..))))))))))))))))..)))..)).))) (-61.3)