mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CACCAACCGGGACCAAAGAAG TTTAGTCCCGGTTTGTGCC GTTGGTGGCGCAAACCGGGACCAATACACCCTTTTAGTCCCGGTTTGTGCCACCAACCGGGACCAAAGGTCAGTTTTCAGCAGCCCAAAGGGCGGGAAGCAAAGACCTTTGGTCCCGCTTCGTGGCACCAACCGGGACCAAAGAAGGGTACTGGTCCCGGTTTGTGCCATTGATA GCCTTATATACCACAACTTTTGGTCTCGGTTGGTGGCGCAAACCGGGACCAATACACCCTTTTAGTCCCGGTTTGTGCCACCAACCGGGACCAAAGGTCAGTTTTCAGCAGCCCAAAGGGCGGGAAGCAAAGACCTTTGGTCCCGCTTCGTGGCACCAACCGGGACCAAAGAAGGGTACTGGTCCCGGTTTGTGCCATTGATACGTCTCCGTCGTATCTATAATTTTTTATTATTCCATGCCAATATTCTACAACGGTTACATACTTTTGGCAATTTTTTATACTATTTTTGAGACTAACATATTGATCCAGTGCCCAGTGCCAGTTCCTGTTTGTTGCATGTTTTTTGTTTCGCAGAAAATCCATATCAAATGGAGTCCAAATGGGATAAAAACTGACAGAGATTTTTTTTANNTATATGTGAATTTGGGAANTGGGATCAACGCGAGACGATGCCCGAGGGGCCATGANGGTGATGGGCGCGCCCTGGGCCTCNGTGGCACTCCGTANGGGGTTGGGGCCTTCTTCGCACAANAAANCAATATCGGNTAAACAGTCAAACTCAGCCATCG 2 2 3' arm Triticum_aestivum mirnest 100 tae-MIR1117 0.000009 -113.2 (((((((((((((((((((((((.(..((((((((.(((((((((.(((((((.((.((((((((((((((.((((((....((((...)))).))))))...)))))))))))))).)).))))))).)))))))))...))))))))).))))))))))))))))))))))). (-113.2)