mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCGAGACGAATCTTTTAAGC TTAATAAATTCGTCTCGTAGT ATGGAGTATTNAATGTAGGAAAAAAAGCAATTACACAGATTGCGTGTAAATTGCGAGACGAATCTTTTAAGCCTAATTGCGCCATGATTTAACAATGTGGTGCTATAGTAAACATTTGCTAATGATGGATTGATTAGGCTTAATAAATTCGTCTCGTAGTTTCTTGGTGGAATCTGTAATTTGTTTTGTTATTAGACTGCGTTTAATA TGTAGCAAAATTTGCCGGCAAGGTATTGGTTTCTAGAATAATTTTTTTAAGATCTATTTATAGAATAAGATTTTTAAAAGGACCAAAAGTTAGGCACTGATTAGTTCCCAAAACAAAAATTTTCATGCTATCACATCGAATGTTTGGACACATGCATGGAGTATTNAATGTAGGAAAAAAAGCAATTACACAGATTGCGTGTAAATTGCGAGACGAATCTTTTAAGCCTAATTGCGCCATGATTTAACAATGTGGTGCTATAGTAAACATTTGCTAATGATGGATTGATTAGGCTTAATAAATTCGTCTCGTAGTTTCTTGGTGGAATCTGTAATTTGTTTTGTTATTAGACTGCGTTTAATACTTTAA 3 0 5' arm Oryza_sativa mirnest 100 osa-MIR2124e 2e-59 -61.2 ......((((.(((((((.((..(((((((....(((((((.((...((((((((((((((((...(((((((((((((..((((.(((....(((((..(((....))).)))))....))).))))..)))))))))))))...)))))))))))))))).....)).)))))))...))))))).))......))))))).)))) (-61.2)