mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCCCTCCGTTCCTAAAGA TTGGAACGGAGGGAGTATT CGCGTCCGNNNTTATTTTGTTCCTTTTTAATTTGGTTCTAAAATAATCTAATACTCCCTCCGTTCCTAAAGATACATGATGTTTTTGTACTAAGTTGAGACAGTTATTTTGGAACGGAGGGAGTATTAGATTATTTTGTTCCTTTTTAATTTGGTTCTAAAATATAGTTTCAGAG CCACGCGTCCGNNNTTATTTTGTTCCTTTTTAATTTGGTTCTAAAATAATCTAATACTCCCTCCGTTCCTAAAGATACATGATGTTTTTGTACTAAGTTGAGACAGTTATTTTGGAACGGAGGGAGTATTAGATTATTTTGTTCCTTTTTAATTTGGTTCTAAAATATAGTTTCAGAGTGATCATTTTGCATCAGCCAAGCTTGCCCTTGTTATAAATAATTGTTCTGTTGTCCTCAATTCACTTTCTCGGTTTTTTAATGCTACAAGTATTATTGGTCCAGTTTTTTTTAGTTATTCATCATGCCATTTTTCTTTCTGCCTTTGTAGCTGAAAGATTAGCAAGACTGGCTAAATTCTGAACATGTTCCATGTGAGAGAAATAGCATGTTGATTTCATCTTGAAATAATCATAGCTGAGGGACGAGCTTCGTAACTAAGGGTCATGTGTNNNGCTGAAGGAAGAAGTTGCGAGGCTTGGAACTCTCCTTGTAAAGGGCTCNNNNCAGCAGTGNGGACAATGCCTCTTTAGTTGTAATTGTGATACTCCTGATCTGCAAGTANNCACTCCTGTGATACTAAATGTNNGNTNNNNAGTACNNN 0 2 5' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 0.0000000002 far-MIR1122 0.00003 -54.6 ............(((((((..((...((((...((...((((((((((((((((((((((((((((..((((((.....((((((...((...)).))))))..))))))))))))))))))))))))))))))))))..))...))))...))...)))))))........... (-54.6)