mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCCCTCCGTTCCTAAATA TTTGGGAACGGAGGGAGTATA TCCATGAATCATACTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGTCTTTTTAGACATTTCAAATGGAATACAACATACGGATGTATGTAGACATATTTTAGAGTGTAGATTCACTCATTTTGCTCCGTATGTAGTCACTTGTTGGGAATCTCTAGAAAGACTTATATTTGGGAACGGAGGGAGTATATTACAAAC CTCGTGCCGAATTCGGCACGAGGAGAGAGTGTCTACAAATGCTTATAGCTCCATGAATCATACTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGTCTTTTTAGACATTTCAAATGGAATACAACATACGGATGTATGTAGACATATTTTAGAGTGTAGATTCACTCATTTTGCTCCGTATGTAGTCACTTGTTGGGAATCTCTAGAAAGACTTATATTTGGGAACGGAGGGAGTATATTACAAACAATGCTTTTGTAACGACANCNCTTCAACAAGATCCTNAATGNGTACCGNTANAANTCANTTCAACCCGGAGNAAGTAACCTATAAGCATANCTGGGGGANTNGAACNAATCCCAAGNTCCTTTTTAAGNGCNGGAAAAACCCGGCGGATNTACCCCTGANCCTAAATTCGTTNTCAACGANCTAANNGATAATTATTTATTANNAAATTGGNTNGGNACGGCTACTNCGGACGGGAATTGCATAATNTTAGGGATTCTTCAAAAAAAAAAAA 0 0 5' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 1e-39 tae-MIR1126 5e-26 -75.2 ..........((((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((.(((((...((.(((((((((.(((..((((.....))))(((((......)))))....)))))))))))).))...))))).))))).))))))))))))))))))))))))))))))))))))......... (-75.2)