mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCTTTAGTCCCGGTTCGTGCC CACGAACCGGAACTAATGGGGTT CGCGGTTTGTGGCACGAACCGGAACTAATGGGGTTGAAGACCTTTAGTCCCGGTTCGTGCCACGAACCGG GCGACTAAAGCTCCTCCCTTTTAGTCGCGGTTTGTGGCACGAACCGGAACTAATGGGGTTGAAGACCTTTAGTCCCGGTTCGTGCCACGAACCGGTACTAAAGGTCCCATTTTCAAACTCTACCCCCCCCCCCCAGGGATCGCCTTTTCAAGTATTAAAAAAAAAAAA 1 2 3' arm Triticum_aestivum mirnest 100 tae-MIR1117 3e-34 -46.7 ..((((((((((((((((((((.(((((..(((((...)))))))))).)))))))))))))))))))). (-46.7)