mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGAGTTACTCCCTCCGTCCGG GGACGGAGGGAGTATATAT GTCCCCTCCTTTAGCTGGCTTAGAGTTACTCCCTCCGTCCGGAATTATTTGTCATCAAAATGGATGGAAATGGATGTATCTACAACTAAAATACATCTAGATACATCCATTTCAATGACAAGTATTTCCGGACGGAGGGAGTATATATATATATATGGAG GGCCTTATAAGACCGGAATGCTTGCTGAAATGCCTCCCCTTAAGGTGTGAGGAGAAAATTCAGAAAGTTATCGCTTTTTATGTCGGCTATCTTGCCACTTGATAGGACTTGCCAGACGGAGGAAAATAATGTGGCAAGATTCTTTTGCTTGCTCTAGTTGGAGCAATTGTAAACCACCAGATTTCTTGAAGCTTGTCATCATCACGAGGGGACATCGGACACAAGATCCCCCAAGCAAACATGCCATGCATAACGTAACATACCTTCAACTCGCAAGCAACTTTTGGATACTATATTCACCCGTACGGAGAATGGTAGATGGAAGGAGCGAACCAAAGTTGCTGCCAATAATGGCACTTCATTTTCGCCAGCCTTGCACCCTTTCATTCGGTTGCTTATAATCTGGGAGCAATATATCGTACTCTTGCCATAGAATACAGCTATGCAGCAAATTTGTATAAGAACATGAGCTCCCATATCCCTGTGCACATGGCATGTCCCCTCCTTTAGCTGGCTTAGAGTTACTCCCTCCGTCCGGAATTATTTGTCATCAAAATGGATGGAAATGGATGTATCTACAACTAAAATACATCTAGATACATCCATTTCAATGACAAGTATTTCCGGACGGAGGGAGTATATATATATATATGGAG 2 2 5' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 1e-35 tae-MIR1128 1e-16 -69 .....((((..((..((...((....((((((((((((((((((.((((((((((..(((((((((....(((((((((...........)))))))))....)))))))))..)))))))))).))))))))))))))))))..))..))..)).)))) (-69)