mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTACTTCCTCCGTCCCAAAA TTGGGAGGAAGGAAGTATTAT GTGTCTACGTATGTACTTCCTCCGTCCCAAAATTTTTGTCTTAAATTTATCTATATACGGATGTATCANCTCACATTTTAGTATTAGATACATCTATATCTATATAAATATAAGACAAATTTTTTGGGAGGAAGGAAGTATTATTGTACGTA TGCATTTAACTTGCTGCGTGTCTACGTATGTACTTCCTCCGTCCCAAAATTTTTGTCTTAAATTTATCTATATACGGATGTATCANCTCACATTTTAGTATTAGATACATCTATATCTATATAAATATAAGACAAATTTTTTGGGAGGAAGGAAGTATTATTGTACGTATTGTTTCTGCATGGACATAGTATGGAGAATTCAATCAATTCATTTGTTTTCCGGGCGTGACGAAAAAAAAAAAAAAAAACCNCNGGGGGGGNCCNGGNNCCCATTNCCCCCNA 1 2 5' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 1e-23 tae-MIR1122 0.000000000000008 -54.8 .....((((((((((((((((((.((((((((..(((((((((.((((((.((.(((.(((((((((...................))))))))).))).)).)))))).)))))))))..)))))))))).)))))))))....))))))) (-54.8)