mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTACTCCCTCCGTCCCATAAT TATGGGACGGGGGGAGTAGTA ATGATACAGATCTACTCCCTCCGTCCCATAATACAAGAGCGTTTTGACACTACATTAGTGTAAAAAACGCTCTTATATTATGGGACGGGGGGAGTAGTATAAAAAAC NACCCGCTAGTGCGNTTAGGCCTATTCTAGGTGACATAGTATAACAAGTTTGTACAAAAAAGCAGGCTGGTACCGGTCCGGAATTCCCGGGATATCGTCGACCCACGCGTCCGGTCATCGCGGGTAACTATACCTGTTAGCAGTGTTTAGAATATCCTGTTAAGCTTGAAACATACTCCAAACAATAGTCGATGTTAAGGGGATGATACAGATCTACTCCCTCCGTCCCATAATACAAGAGCGTTTTGACACTACATTAGTGTAAAAAACGCTCTTATATTATGGGACGGGGGGAGTAGTATAAAAAACGCTCCTACATTAGTGTAAAAAACACTACATTACTGCCGGTTTTGTCGTGTTTTCTGTTNNNNAANAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGGCGGCGCTCTAAGTATCCTCGAGGGGGCCAAGTTTACCCNGTCCCCGTTTTTTTTCAAAGGGGCCCTTATGGGGCGGTTTAAAGGAAGCAGGGGGCGGTTTTAAACGTTTTGTGGGGGAAAACTGGCTTGGGGGGTCCCTCGAANAAAAAAAAAAAACCNNGCTCCCGGGNNNNGGGGGGGTGGGGTGGGGTGGGGGGGGGNNGGGGTGGTGGGGGGGGGGGGGGTGGGGGGGGGGGCGGAGGCCAAGNTGGGGNGTGGGGTTCGGCCTGGGGGGGGGCGCGGCGTGGGGGCGGGCTGGTGTGCGGGGTGGNGGGGCGGCCGGGGNGGGGCCGGGGGCGGCCGGGTCGCGGGCGCGTGTGGGGGTGCCTGTGCGCGACTGCGGGGCGTGGGGGGGCGGGTCGCGGCTTCCGTTGCCA 0 0 5' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 5e-25 tae-MIR1120 0.00000002 -60.2 ...........((((((((((((((((((((((.(((((((((((.((((((...))))))..))))))))))).)))))))))))))))))))))).......... (-60.2)