mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AACTACTTCCCCCGTCCCANA TGGGACGGGGGGAGTAATATT ATCAGNTNAGCAACTACTTCCCCCGTCCCANAATGTAAGACGTTTTTTGACACTANCATAGTGTCCAAAAACGTCCTATATTATGGGACGGGGGGAGTAATATTCATGACAC GAATTCACTANTGATTAACGTGGTCGCGGCCGAGGTCTAATCCCGAGNNTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAGCCCACAGTTGAAGAATACAGAGACAATTCTCTTGCAAATTCTCTGTTATGTTTAACANATGAAGAATTCGAAGGCATCTTACTAATCAGNTNAGCAACTACTTCCCCCGTCCCANAATGTAAGACGTTTTTTGACACTANCATAGTGTCCAAAAACGTCCTATATTATGGGACGGGGGGAGTAATATTCATGACACTCATCCTCATACATAGGCCAAGGCATGTCTGGGTACAAGTTTTGTGGNATTACTTCCGTTTCACATATTACCACCCATCACGTGAAACTAGCTTTAACAACATTTCAGACATCTCTTAAAATCAGACCGCGGGNTGACTTCTGCAGGGTGCCATTCCAAAAAANTTCTCGAACAATTTCCAAGCCATTGGGGGAACCGTCATAAGCAC 4 0 5' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 1e-16 tae-MIR1130 0.00002 -56.1 ..............((((((((((((((((.((((((.(((((((((.(((((((...))))))).))))))))).)))))).))))))))))))))))............. (-56.1)