mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATTTGTTTACAGAGGGAGTT CTCCCTTCGTAAAGAAATATA CTTTTATTTATTACTCCCTTCGTAAAGAAATATAAAACCCTTTAGATTATTAAAGTTGTGATCTAAACGCTTTTATATTTGTTTACAGAGGGAGTTCCGGGGAAAA GGGAGTTTGTTTGATCGCTGCCACTTTTTTTCCTTAACACACAGCCTTTTATTTATTACTCCCTTCGTAAAGAAATATAAAACCCTTTAGATTATTAAAGTTGTGATCTAAACGCTTTTATATTTGTTTACAGAGGGAGTTCCGGGGAAAAACCACTATTACTTTGTTCCACTGGTACTTACTACTTACTTTACCACTAATGCTGCGTGCGCCCGCCTTCTTTTTCAATCTCGATCATTCAAGCTTCAAACGTCTCCCGTCCCGGGATCACTTTT 3 0 3' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 1e-16 tae-MIR1121 0.000000005 -30.7 .((((.......((((((((.(((((.((((((((((...((((((((((.......))))))))))...)))))))))).))))).))))))))......)))). (-30.7)